Cuando tenía 4 años se marchó a vivir a Barcelona con su familia, por cuestiones de trabajo de su padre. Durante 14 años vivió en Cataluña y, después, se marchó a vivir a Madrid, donde lleva viviendo 11 años. Allí estudió Bellas Artes y, confiesa, que por esa época no pensaba dedicarse al cine, pues su afición desde niño era el dibujo al carboncillo, los cómics y la pintura. Finalizada la carrera universitaria comenzó a trabajar como dibujante de storyboards con su primo, el también cineasta Daniel Calparsoro. Después pasó a trabajar como ayudante de dirección en diversas películas, entre ellas, Intacto (2001), de Juan Carlos Fresnadillo. Se aficionó a ese cargo y decidió comprar una cámara de vídeo para dirigir sus primeros proyectos.

En un principio sólo grababa cortometrajes de versiones de obras literarias y, poco después, dirigió un corto de ficción en 35 mm. titulado El trato, que lo considera un desastre total porque gastó bastante dinero y no supo ubicar al equipo ni repartir tareas. Lo envió a más de 40 festivales y no fue seleccionado en ninguno pero Canal+ lo compró y lo emitió.

En Madrid conoció al cineasta mexicano Carlos Reygadas, cuando se encontraba rodando su película Japón (2002). En 2005 Reygadas grababa en México el filme Batalla en el cielo, y Pedro Aguilera le pidió trabajo y el mexicano le contrató como ayudante de dirección. Poco después el director donostiarra ya estaba escribiendo el guión de su opera prima: La influencia (2007), una coproducción hispano–mexicana financiada por Reygadas, aplaudida en la Quincena de Realizadores del Festival de Cine de Cannes (Francia) y que ha obtenido el Premio L’Age D’Or, máximo galardón del Festival de Cine de Bélgica (Bruselas). La cinta cuenta la historia de una madre soltera, frágil y desorientada, la señora Rivero, que pasa por serias dificultades económicas y, por ello, no es capaz de asegurarles un futuro a sus dos hijos pequeños.

Ante la depresión de su madre, los progenitores intentarán transformar la vida que les depara el futuro. Rodada en Arganda del Rey, municipio de la Comunidad de Madrid, es una película con pocos diálogos.

Su próximo proyecto es el largometraje El perro negro (2008), que se rodará en Almería y tendrá similitudes con su anterior cinta.