Hijo de un banderillero nació en el barrio madrileño de Entrevías. Ya de pequeño admiraba el trabajo de su tío, rotulista de películas. Estudió Dirección Cinematográfica en la Escuela Superior de Artes y Espectáculos TAI. A comienzos de los años 90 dirige los cortometrajes El rey tuerto (1990) y Directo al corazón (1991).

En 1995 colabora en la escritura del guión de Alma gitana (1995), de Chus Gutiérrez. El filme fue financiado por Samarkanda, productora de Juan Vicente Córdoba.

Ese año dirigió el cortometraje, Entre vías (1995), un homenaje al barrio donde nació y una película nominada por la Academia de Cinematografía al Goya al Mejor Cortometraje. Además, el corto obtuvo el Premio a la Comunidad de Madrid en el Festival de Cine de Alcalá de Henares (Madrid), el Premio Colón de Oro en el Festival de Cine Iberoamericano de Huelva y la Mención Especial en el Festival de Jóvenes Realizadores.

Aunque tú no lo sepas (2000), adaptación cinematográfica del relato El vocabulario de los balcones, de Almudena Grandes, es el primer largometraje del cineasta madrileño. Con él obtuvo el Premio al Mejor Guión Adaptado del Círculo de Escritores Cinematográficos y el Premio al Mejor Primer Trabajo en Madridimagen.

Yo soy de mi barrio (2003) es un cortometraje documental donde Córdoba remueve en su memoria para ofrecer una visión particular del barrio de Entrevías a partir de las entrevistas a las personas que viven allí. Dos años más tarde rodó A golpes (2005), un drama sobre la marginación femenina protagonizado por Natalia Verbeke.

Su último trabajo es Flores de luna (2008), un filme documental que cuenta la historia de la lucha por la superación en el poblado chabolista.