De origen portugués, a los 12 años llegó con su familia a Sevilla, donde vivió durante cinco años. Con 13 años ya había escrito su primer guión tras leer el libro de Enrique Gómez, Cómo escribir un guión cinematográfico. En 1947 se trasladó a Barcelona, la que ha sido su ciudad adoptiva y en la que comenzó escribiendo guiones dramáticos para Radio Barcelona.

A comienzos de los años 50 comenzó a trabajar en la industria cinematográfica de Cataluña como doblador para la Metro Goldwyn Mayer y la Parlo Films, como extra en películas de Antonio Román e Ignacio Iquino, y como secretario de rodaje de Carlos Serrano de Osma y Enrique Gómez, del que también fue ayudante de dirección. Además, entre 1954 y 1955, Nunes estuvo al frente de la jefatura de guiones de la productora cinematográfica IFI. Fue el guionista de películas de Juan Lladó, Miguel Lluch, Germán Lorente, Jacinto Esteva, entre otros.

En 1957 dirigió su primer filme: Mañana…, que fue clasificada como de 2ªB. Tras su opera prima escribió dos guiones que no fueron filmados porque fueron vetados por la Dirección General de Cinematografía: Piedras y El amarillo de tu destino. En 1961 rodó No dispares contra mí, con influencias de la Nouvelle Vague francesa. En 1963 codirigió junto al romano Roberto Bianchi, el musical coproducido entre España e Italia, Superespectáculos del mundo. Ese año también estrenó La alternativa (1963), una película de temática taurina.

Su siguiente largometraje es Noche de vino tinto (1966), quizá su película más lograda y que obtuvo la calificación de “Interés Especial” por parte de la Dirección General de Cinematografía. Todo lo contrario ocurrió con Sexperiencias (1968), que fue prohibida aquel año. En 1968 también estrenó Biotaxia.

Nunes no volvió a dirigir hasta 1976, año en que rodó Ikonokaut. Al año siguiente dirige el drama Autopista A–2–7 (1977). Tras otro parón de seis años estrena Gritos… a ritmo fuerte (1983) y En secreto, amor (1983). Su última película data de 2002: Amigogima.

Entre las décadas de los 60 y 70 Nunes perteneció al movimiento de la Escuela de Barcelona junto a Joaquín Jordá, Jacinto Esteva, Vicente Aranda, Pere Portabella, Gonzalo Suárez, Ricardo Bofill, Ricardo Muñoz Suay y Carlos Durán.