Licenciado en Comunicación Audiovisual por la Universidad del País Vasco. Codirigió junto a Igor Legarreta los cortometrajes El rincón del Salvador (1994), Castoman (1996), Al, Ben & Gail (1997) y El trabajo (1999), este último premiado en los Festivales de Locarno (Suiza) y Montpellier (Francia). En 2001 rodó, junto a Legarreta, el segmento La jaula, perteneciente al filme colectivo Diminutos del calvario, donde también trabajaron Javier Rebollo, Juan Antonio Bayona, Chiqui Carabante, Juana Macías, Félix Piñuela, Alber Ponte, Jorge Torregrossa y Sergio G. Sánchez, guionista de El orfanato (2007), de Juan Antonio Bayona.

En 2003 dirigió algunos episodios de la serie televisiva emitida en Alemania Petits mythes urbains, en la que también participaron Igor Legarreta y Óskar Santos. Ese año Legarreta y Pérez también codirigieron los cortos Room 301 y Lost (2003). En 2005 rodaron juntos a las afueras de Madrid el corto de género dramático El gran Zambini, Premio al Mejor Corto en el Festival Madrid Imagen, Premio a la Mejor Dirección en el Festival de Cine de Gerona y Segundo Premio en el FESCIGU, Festival de Cine Solidario de Guadalajara, entre otros muchos galardones. Ese año Pérez también trabajó como ayudante de dirección de Nacho Vigalondo para su cortometraje Choque.